《盗墓笔记》讲述了一个追寻长生，追寻“终极”秘密的故事，是以一颗有神秘力量的陨石而开始的。
《盗墓笔记》是南派三叔的作品，与《鬼吹灯》共同开创了盗墓小说的时代。单论本传的话，笔记共有八卷故事，分别是《七星鲁王宫》、《秦岭神树》、《云顶天宫》、《蛇沼鬼城》、《谜海归巢》、《阴山古楼》、《邛笼石影》、《大结局》。
不论《藏海花》、《沙海》等后续，单独说下《盗墓笔记》本传的故事。其实就是光是本传的故事已是散如满天星了，聚起来更是坑坑阻碍。
《盗墓笔记》的时间开始于远古时期，故事始于一颗撞击地球的陨石。这颗陨石从地球上掠过，分为几块落在大地之上，塔木陀、长白山等地都有大小不同的碎块，正是因为这颗有神秘力量的陨石碎块开始了后续故事。
在塔木陀有个早期文明，就是西王母国。西王母国的图腾是三青鸟，是一种人面鸟身的猛禽，这个国度也掌握着一些古老的秘术，驯养了很多诡异的生物，就像双鳞巨蛇、鸡冠蛇，还有蛇母。同时，西王母也研究出了一种长生之术，就是服下包着尸蟞王的丹药来延续寿命。不过，这种长生有着很大的副作用，但进入落在塔木陀的那块陨石的碎片陨玉中可以避免副作用。
西王母国的长生之术吸引来了第二位追寻者——西周的周穆王。当时究竟是周穆王发动了战争，还是周穆王与西王母有了一段爱情故事，已经无法确认了，有可能就是周穆王带着大军去了西王母国，又备下厚礼进去求取长生之术。总之，周穆王得到了尸蟞丹和一套陨玉做成的，他在生前服下了尸蟞丹，并躺在了玉俑之中，墓穴就是瓜子庙的西周墓。周穆王在玉俑中不断蜕皮，只等尸蟞王死去，复活长生。
到战国时期，又有了追求长生的鲁殇王。鲁殇王手下有个军师铁面生，这是个神秘的人物，精通于风水，他利用鲁殇王的势力，搜寻着长生的秘密，去过瓜子庙、沙头礁、卧佛岭、长白山、镖子岭、塔木陀、羊角山，发现了陨玉、尸蟞丹、长生以及青铜门、终极之间牵连的秘密，并记录在了帛书之上。等鲁殇王去世后，就将瓜子庙周穆王的尸体从玉俑脱了下来，自己钻了进去，又将墓穴七星鲁王宫修在了周穆王的西周墓上。其后，铁面生又将鲁殇王从玉俑中脱出，自己钻了进去。
历史一直在前进，但不变的是追求长生。明初之时东北长白山深处有一个东夏国，他们信奉百足虫巨型蚰蜒。同时在这里也有一块陨石，还有一扇巨大的青铜门，背后有着“终极”的秘密。这扇青铜门已经存在了很久，还有一批守护者——张家人。东夏人发下青铜门后的秘密后，研究出了一种人与蚰蜒共生的长生之术，并以人面鸟口中猴守护着这里的秘密。从这里来看的话，东夏国和西王母国、张家人，还有秦岭的古厍国，都有着千丝万缕的关系。
当时在中原有一个风水大师——汪藏海。东夏人听说汪藏海的名声后，就将他绑来让他修建皇陵。正是在这时，汪藏海发现了万奴王和终极的秘密，又四处进行调查，并且出使过塔木陀，得知了很多的秘密。于是，汪藏海就将秘密留在了三条蛇眉铜鱼之上，又分别放在了瓜子庙、沙头礁、卧佛岭。其实，这三个地点还隐藏着一个地点，它们再加上长白山，连起来是一条龙脉，而最关键的长白山正好在龙头位置。
在这里有个很重要的家族就是张家。张家是终极的守护者，守护终极是他们的使命，他们也因此获得长寿的能力。这个家族有着群葬的习俗，因为在那张家古楼最底层之中隐藏着“终极”的秘密。所以，张家世代都以留存为最大的目标，为的就是保住张家古楼的群葬。同时，张家还有着迁移墓地的习惯，巴乃的张家古楼是最后一处，在明朝时期就开始设计了很多机关，为以后做准备。
张家的族长是张起灵，负责迁徙墓地和入殓族人。不过，清朝乾隆时期张家族长被人刺杀，失去了终极的秘密，张家丢失了使命，发生了内乱，庞大的家族走向了衰落。
直到民国时期，小哥重新进入张家古楼得到了“终极”的秘密，成为新的族长。不过，小哥他接手的只是个衰败的家族，而他却背上了张家的使命，不得不四处奔走。
与此同时，长沙老九门出现了。老九门之首的张大佛爷也是出自张家，他的爷爷是上一任张起灵张瑞桐。只是到张大佛爷的父亲时，因为违反族内通婚的规定，被逐出了家族。后来，张大佛爷带人来到长沙，成为长沙第一大家，并且与上面的人有着很深的关系。
20世纪50年代初，吴老狗和父辈人物在长沙镖子岭倒斗，带出了一卷帛书。这卷帛书上隐藏着很多秘密，出土后引发了几方势力的关注。裘德考从吴老狗手中骗走帛书，后来开始追寻那些延续数千年的秘密，但他只不过是其中一股势力，真正的势力是那历史的必然。
到60年代之时，张大佛爷已经归隐。一位进入暮年的领袖找上了张大佛爷，让他寻找张家守护的秘密。张大佛爷查阅了很多资料，组织起了老九门，并开始海选张起灵。
这时小哥已经无力背负张家的使命，就找上了张启山。双方约定小哥帮助老九门倒斗，老九门轮流与张家守护青铜门后的秘密。于是就有了那次以张起灵为领头人，老九门全部参与的史上最大倒斗活动。不过，这次倒斗伤亡惨重，九门最好的老伙计都死在了里面。
因为这次倒斗，张起灵也受了重伤失忆。老九门也是分为两派，一派与上面关系紧密，将责任推给了张起灵；另一派是被张起灵救过的人，支持于他，霍老太、吴老狗、解九爷等人都是这一派。经历了这么多，吴家和解家决定摆脱这一切，吴老狗是决定退出，让时间磨灭一切；解九爷却知道只有终结一切才能退出，就开始着手布局，要解决一切。
正如解九爷所料，早在老九门倒斗之前，九门第二代乃至第三代就被选成了候选梯队。等老九门倒斗失败后，那位领袖已然去世，由陈文锦、霍玲、鬼影张起灵等第二梯队集结，要把他送入巴乃的张家古楼，据说尸体在里面会发生一种不可思议的变化。
考古队还没完成送葬，向导盘马为了那些补给就把他们给杀了。不过，当晚陈文锦、霍玲等核心人物进入了张家古楼考察，就活了下来，死的只是一些外围人员。于此同时，解九爷的人也赶来了，他们本就是要替换这批人的，人被盘古解决掉了，他们就用铁水封存了尸体，开始带着逃亡。组织也发现了异常，开始大肆追捕这批人。最终在杭州被吴老狗所帮，将尸体藏在了吴三省铺子下的隐秘皇陵之中。
等尸体被隐藏之后，双方开始进行暗中的博弈。解九爷的人一部分易容进入组织内部，开始替换或者杀掉关键人员，毁坏重要的资料，并救出了疗养院的小哥；还有一部分回到了家中，就像假霍玲，真的陈文锦和霍玲却是一直不敢露面，在暗中进行调查。
在此时，裘德考破解了帛书的秘密，也展开了行动。裘德考最先去的长沙镖子陵，准备重盗血尸墓。不过，吴三省先一步进了血尸墓，取走了尸蟞丹。但是，裘德考也与吴三省达成了合作。
随后，考古队第二次集结，前去西沙海底墓。这次行动共有十一人，其中真真假假，真的文锦、霍玲得到消息，用假调令将假的两人调到了长白山，同时真的张起灵也加入了其中，还有一个新加入的吴三省，可谓是各怀鬼胎。
解连环也发现了不对劲，却不明白其中的原因。吴三省因为与裘德考合作，手中有了一手的资料，在下水的前一天夜里进入了海底墓。解连环发现后，带着一个伙计跟随前去，想要解决替换了这个不稳定因素。此时的吴三省处于巅峰状态，直接干掉了那个偷袭的伙计。最终，吴三省和解连环达成合作。解连环假死戴上吴三省的面具，又利用奇门遁甲的生门用禁婆香迷倒了随后进入的考古队员，将他们送入了组织。不过小哥没有送回，他又开始穿梭于各地，并留下记号。
疗养院的考古队员醒来后，已经不被组织信任，开始严密监视他们。到八十年代末期，组织销毁了疗养院的资料，也撤除了监视。此时的陈文锦、霍玲等人发现身体发生了变化，就又回到了疗养院，以此为基地开始查阅各种资料，知道是服用了尸蟞丹。其后，这支队伍根据资料查阅到汪藏海曾到长白山祭山，他们也去了云顶天宫。在那青铜门后，文锦见到了“终极”，也知道了汪藏海出使过塔木陀。为了解决尸蟞丹的副作用，文锦和霍玲又去了塔木陀。在这次行动后，霍玲就发生了尸变，变成了禁婆。
另一边的张起灵背负着家族的使命，不断穿梭于各地。回到广西巴乃后，小哥失忆发作，被人当作钓饵放到古墓中钓尸。后来小哥被陈皮阿四所救，成了他手下夹喇嘛的好手，重新回到众人视野，这时是2000年。
到2003年的时候，金万堂走入了吴邪的铺子，新的故事开始。从七星鲁王宫开始，张起灵、吴邪、胖子逐渐形成铁三角，又陆续去了西沙海底墓、长白山云顶天宫、塔木陀西王母国、广西巴乃张家古楼。最终，吴三省铺子下的尸体被彻底销毁，张起灵告别吴邪，进入了青铜门后。
这就是《盗墓笔记》讲述的故事。一切的故事就是在追寻长生，源头又指向了青铜门后的“终极”。铁三角走的地方都是张起灵等人走过的，追寻的都是以前的秘密。
不过，说实话线索真的是太散了，坑也太多了。所以，每个人串联来讲都会有很多不同，但最关键的就是在追寻那个还不知为何物的“终极”。还有这只是《盗墓笔记》，不加上《沙海》、《藏海花》、 《盗墓笔记重启之极海听雷》等等，就更加散乱了，很多地方只能自己猜。
就是一个傻子跟着一个胖子遇到一个疯子的故事
